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Domestikation
Die klassische Lehrmeinung war einst, dass das Vikunja nie domestiziert wurde und dass Lama und Alpaka vom Guanako abstammen. Heute gibt es allerdings überraschende DNA-Untersuchungsbefunde, die darauf hindeuten, dass das Alpaka vom Vikunja abstammen könnte. Da Alpakas, Lamas, Guanakos und Vikunjas untereinander fruchtbar sind und sich die Linien oft miteinander vermischt haben, lässt sich die Abstammung der Haustierformen heute nicht mehr mit letzter Sicherheit nachvollziehen. Sicher ist, dass die Inka Vikunjas fingen, ihre Wolle schoren und die Tiere dann wieder freiließen. Die Spanier setzten diese Tradition nicht fort. Sie schossen Vikunjas in großer Zahl ab, zunächst um Platz für Weideland zu schaffen und erst später wegen des Fells. Während es zur Zeit der Inka etwa 1,5 Millionen Vikunjas in den Anden gegeben hatte, war deren Zahl bis 1965 auf 6000 zurückgegangen. Seitdem haben Schutzmaßnahmen aber zu einer rasanten Erholung der Bestände geführt, so dass es heute wieder 150.000 Vikunjas gibt.
Taxonomie
Das Vikunja wird oft auch unter dem wissenschaftlichen Namen Vicugna vicugna geführt, also als eigene Gattung von den übrigen Lamas abgespalten. Dafür spricht die Besonderheit des Gebisses, das von den anderen Lamas abweicht. Allerdings sind Guanakos und Vikunjas untereinander fruchtbar, was wiederum für eine sehr dichte Verwandtschaft spricht. Daher ist die Einführung der eigenen Gattung Vicugna umstritten.
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